Une nation de plus en plus nombreuse de singes évolués, dirigée par César, est menacée par un groupe d’humains qui a survécu au virus dévastateur qui s'est répandu dix ans plus tôt. Ils parviennent à une trêve fragile, mais de courte durée : les deux camps sont sur le point de se livrer une guerre qui décidera de l’espèce dominante sur Terre.

Mumble, le roi des claquettes, est bien ennuyé quand il découvre que son fils Erik est allergique à la danse. C’est alors que ce dernier s’enfuit et rencontre Sven Puissant, pingouin capable de voler ! Mumble comprend qu’il ne peut nullement rivaliser avec ce personnage charismatique qu’Erik tente d’imiter... Mais la situation ne fait qu’empirer quand le monde est menacé par des forces...