Quand Thomas reprend connaissance, il est pris au piège avec un groupe d’autres garçons dans un labyrinthe géant dont le plan est modifié chaque nuit. Il n’a plus aucun souvenir du monde extérieur, à part d’étranges rêves à propos d’une mystérieuse organisation appelée W.C.K.D. En reliant certains fragments de son passé, avec des indices qu’il découvre au sein du labyrinthe, Thomas espère trouver...

Nathan Harper a toujours éprouvé la désagréable impression de mener une vie qui n’est pas la sienne. Lorsqu’il tombe par hasard sur une photo de lui, enfant, sur un site de personnes disparues, ses peurs les plus sombres deviennent brusquement réalité. Ses parents ne sont pas les siens, sa vie n’est qu’un mensonge soigneusement fabriqué pour cacher une vérité aussi mystérieuse que dangereuse......