Après des années passées loin du monde des humains, les frères Tortues entreprennent de gagner le cœur des New-Yorkais et d'être acceptés comme des adolescents normaux grâce à des actes héroïques. Leur nouvelle amie April O'Neil les aide à s'attaquer à un mystérieux syndicat du crime mais ils se retrouvent dépassés par les événements lorsqu'une armée de mutants se déploie contre eux.

Susan Cooper est une modeste et discrète analyste au siège de la CIA. Héroïne méconnue, elle assiste à distance l’un des meilleurs espions de l’agence, Bradley Fine, dans ses missions les plus périlleuses. Lorsque Fine disparaît et que la couverture d’un autre agent est compromise, Susan se porte volontaire pour infiltrer le redoutable univers des marchands d’armes et tenter d’éviter une attaque...