Après des années passées loin du monde des humains, les frères Tortues entreprennent de gagner le cœur des New-Yorkais et d'être acceptés comme des adolescents normaux grâce à des actes héroïques. Leur nouvelle amie April O'Neil les aide à s'attaquer à un mystérieux syndicat du crime mais ils se retrouvent dépassés par les événements lorsqu'une armée de mutants se déploie contre eux.

Un homme travaillant dans le monde de la radio est un beau-papa heureux. Mais un jour, le véritable père des enfants fait irruption dans sa vie, et il va devoir l'"affronter" pour gagner leur affection.